FLOW werkt met een bestuur dat wordt ondersteund door een bureau in Nijkerk. Alle werkgevers en werknemers in de sector die de cao Woondiensten hanteren, dragen bij aan FLOW. Het bestuur bestaat uit twee vertegenwoordigers van de werkgevers (Aedes vereniging van woningcorporaties) en drie vertegenwoordigers van de medewerkers (FNV, CNV Vakmensen en De Unie). Het voorzitterschap wisselt elk jaar.
